บนเก็นโกอันจะมี ”หน้าต่างของความตรัสรู้”ที่เป็นทรงกลม และ “หน้าต่างของความสับสน” ที่เป็นทรงสี่เหลี่ยม แต่ละห้องเต็มไปด้วยคำสอนของพระพุทธเจ้า นอกจากนี้ เพดานห้องโถงหลัก ยังเป็นซากของปราสาท Fushimi ที่มีเพดานเลือดที่บอกโศกนาฏกรรมของปราสาทที่ตกลงมาหลงเหลืออยู่ด้วย